《河神2》和第一季一样，所有案件都是幕后大boss搞出来的，但这个人却始终没有浮出水面，令人好奇幕后之人究竟是谁。
不得不说，《河神2》的剧情紧张刺激，尤其是剧中案件明线、暗线穿插交代，案件结尾反转不停，“九牛二虎一鸡”连环案的主线线索又带着神秘色彩，真的是太高能了。
导致如今剧集过半，剧情发展越来越精彩的同时，连环凶案的网也越来越大，诸多线索明明暗暗，可幕后大boss却是指向不明，真是看得人欲罢不能，做梦都在猜凶手了。
虽然凶手还没有具体指向，但可疑的嫌疑人却是不少，首先，是空降天津卫，手握实权的都督敖旦。此人城府极深，虽不多言，却把白市长、伍司令，包括丁卯都拿捏在股掌之间，而且手段狠辣，不然肖秘书长也不会想出假死的金蝉脱壳之法。
第二个怀疑的人，就是丁卯的理疗医生戎傲霜了，她的银铃封绝技可真是不一般，像是催眠一般能让人看到心底最惧怕的东西，如今丁卯、肖兰兰、郭得友全都中过招了，小河神甚至因此将点烟辩冤的绝活都丢了，这个女人的能力也是不可小觑。
同理，被丁卯怀疑的大表哥也很有嫌疑，毕竟案子是从他回天津起开始的，他跟顾外交官也是相识的，他跟在兰兰身边，亦帮忙查出很多关键线索，尤其他还是个化学方面的高材生，这几个案子里的杀人方法都是用药、用毒，还有磷粉等化学物品，他的嫌疑也不是没有的。
其实，除了上述三人外，上一季中的大boss连化青也有很大的嫌疑，连化青是魔古道的首领，企图复辟魔古道的人就是他。
上一季结局中，连化青的最后一个镜头就是他满脸是血的对丁卯说：我死了，没关系，但魔古道活了!然后就没有然后了，他去领盒饭了。
所有人都以为他死了，但在第二季中，随着老河神、肖兰兰父亲等人的死，事情似乎又和魔古道有了牵扯，难道魔古道还没有彻底消失吗？由此看来，连化青可能没有死，他也可能是第二季的大boss。
而且在剧中有一个极其神秘的人，这个人养了个水怪，总是拿着成袋成袋的死鱼去喂水怪，很明显，这个人就是真正的大boss，毕竟九牛二虎一鸡是用来镇水妖的，如今九牛对应的人相继死去，等九牛二虎一鸡全死了，水妖就会现世。
这个人之所以养水怪，就是为了等九牛二虎一鸡死了之后把水怪放出来，这个人的身份是什么，也只能等后续剧情播出才能知晓。
