对男性不育症有各种不同的分类方法。常有人根据精液化验结果将男性不育症分为少精子症、弱精子症、畸形精子症、无精子症等；还有人将其分为性功能障碍性不育症、精液异常性不育症、无精子症等。以上分类方法不是流于表面，就是含糊笼统。为此，WHO提出了以病因诊断为依据的分类方法，这一分类方法是目前世界上最为权威的男性不育症诊断分类方法，它把男性不育症分为16类：
(1)性交和／或射精功能障碍
(2)免疫学病因
(3)原因不明
(4)单纯性精浆异常
(5)医源性病因
(6)全身性病因
(7)先天性异常
(8)后天获得性睾丸损伤
(9)精索静脉曲张
(10)男性副性腺感染
(11)内分泌病因
(12)特发性少精子症
(13)特发性弱精子症
(14)特发性畸形精子症
(15)梗阻性无精子症
(16)特发性无精子症
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