递交国际申请。
一般情况下，PCT申请应向作为PCT受理局的国家局提出。PCT专利申请人在申请的同时，就要指定该申请将在哪些成员国有效，这些被指定的国家称为“指定国”。
中国国家知识产权局作为PCT指定受理局，只接受中国的国民或居民提出的国际申请，国际申请中有多个申请人时，至少有一个申请人的国籍或居所是中国。中国国家知识产权局接受中文、英文两种语言。
国家知识产权局受理PCT申请后，将对所申请的文件进行形式审查，认为专利申请文件和专利申请手续完备的，即确定国际申请日。国际申请日表示自该申请日起，PCT国际申请在每一个“指定国”具有相当于正规的国内申请的效力，该申请日也成为在某指定国的实际申请日。
审查合格后，则将申请文件分别送交世界知识产权组织国际局和国际检索单位。

国际检索。
国际检索是一个封闭的过程，除单一性或明显错误的问题外，申请人与检索单位没有什么交流。自优先权日起9个月，或自检索单位收到检索本起3个月，以后到期的期限为准，检索单位会制定检索报告或在某些情况下宣布不制定检索报告。检索报告或宣布将传送给国际局和申请人。
国际申请日（或优先权日）起满18个月后，国际局将公布PCT国际专利申请和国际检索单位作出的检索报告，并将该申请连同检索报告送交该PCT专利申请要求的“指定国”的专利局。

国际公布。
自优先权日起18个月满时，国际局将对国际申请进行国际公布。出版物有两种：小册子和公报。公布形式包括纸件和电子件。

国际初步审查。
《专利合作条约》规定，国际初步审查程序不是强制性的。国际初步审查只就发明是否具有新颖性、创造性和实用性提出初步的意见，其审查意见对各个指定国并没有任何约束力。在该阶段，申请人可对其申请文件进行主动修改，也可能会收到国际初步审查单位发出的书面意见，申请人可以陈述自己的观点或进行修改。在优先权日起28个月时，国际初步审查单位会制定国际初步审查报告，并传送给申请人和国际局。

指定国审定阶段。
进行完国际阶段后，经过申请人申请启动，国际专利申请进入国家（或地区）阶段。申请人必须在自优先权日30个月（在某些国家可能是20个月）内办理进入指定国（或选定国）国家阶段的手续：缴纳国家费用，递交·­；；；译成该国语言的国际申请的译文。因各国法规不尽相同，有些国家进入国家阶段的期限会晚于30个月（或20个月）。